截至“十三五”末，云南省强力推进九大高原湖泊水环境治理“十三五”规划项目收官工作，规划项目共计325个，已完工306个，在建19个，总体完工率为94.15%。
“十三五”以来，云南省采取转变治湖思路、完善湖泊立法、打好八大攻坚战、健全投入机制、加大督察问责力度等五项强有力举措，着力打好九大高原湖泊保护治理攻坚战，推进流域系统治理取得明显成效。
2020年1月至11月，按全湖平均值评价，抚仙湖、泸沽湖保持Ⅰ类水质；洱海、阳宗海水质为Ⅲ类，程海水质稳定保持Ⅳ类（pH值、氟化物除外），实现了水质保护稳中向好的目标；滇池草海水质达到Ⅳ类，滇池外海、星云湖、异龙湖水质达到Ⅴ类，杞麓湖水质虽为劣Ⅴ类，但国考湖心断面完成目标任务，湖体富营养化水平有所好转。
九大高原湖泊水环境治理“十三五”规划项目共计325个，已完工306个，在建19个，总体完工率为94.15%。省委、省政府从2018年起每年安排36亿元财政专项资金支持九大高原湖泊保护治理，省财政投入较2016年增长约4倍。除滇池外的8个高原湖泊都签订了第三方治理项目投资合作协议，共计175个项目，引入投资829亿元，九湖及敏感区域城镇污水处理设施全面达到一级A标排放标准。
目前，九湖均依法划定保护区范围，及时设置界桩，均实施了雨污分流改造，强化截污管网运营管理，推进农业面源污染整治，加强岸上、入湖河流沿线水环境治理，提升流域控源截污成效。
