“十三五”以来，我省以九大高原湖泊和重要湿地为重点、以六大水系为主线、以沼泽湿地保护和小微湿地建设为补充，点线面结合、系统治理，整体推进湿地保护和修复工作。截至2020年底，全省湿地总面积为927.47万亩，较2015年增加73.53万亩，湿地保护率从2015年的36.4%提高到55.27%。
2016年11月，国务院办公厅印发《湿地保护修复制度方案》。按照国家关于湿地保护管理的顶层设计，我省结合实际，于2017年12月出台了《云南省人民政府办公厅关于贯彻落实湿地保护修复制度方案的实施意见》，明确了建立健全湿地保护修复制度的目标任务和工作措施。同时，制定《云南省贯彻落实湿地保护修复制度方案行动计划（2018-2020年）》，进一步分解目标任务，明确时间表、路线图。先后印发《云南省省级湿地公园建设管理办法》《云南省省级湿地公园总体规划总则》等一系列配套文件，进一步健全湿地保护政策体系。
同时，我省率先在全国探索建立了湿地资源年度监测制度，并将湿地面积、湿地保护率等指标纳入省管领导班子和领导干部综合实绩、县域经济发展、三农发展、县域生态环境质量等评价考核范围。每年组织开展全省湿地资源年度变化监测，强化监测成果运用，为各级政府和相关部门考核以及生态转移支付资金测算提供基础数据，极大地提升了湿地保护工作地位。
为全面保护湿地，我省先后编制了《全省湿地保护修复“十三五”规划》《云南省湿地公园建设发展规划》《云南省湿地生态监测规划》，为各专项工作提供规划指导。“十三五”以来共争取国家湿地保护资金4.95亿元，较“十二五”增长4倍，有力推进了重要湿地保护和退化湿地修复工作。随着湿地生态效益补偿、退耕还湿等工作的开展，退化湿地得到恢复，湿地面积扩大，湿地生态功能提高。目前，我省以水禽（尤其是越冬鸟类）为主的动物栖息地质量得到明显提升，湿地生物多样性保育成效明显。黑颈鹤、黑鹳、紫水鸡等珍稀水禽，以及莼菜、野菱、海菜花等重点保护植物和云南特有植物，分布范围逐年扩大、种群数量不断增加。新发现了彩鹮、长尾鸭、白眉田鸡等湿地鸟类。
随着湿地分级分类管理工作持续完善，全省湿地保护率全面提高。截至目前，全省共认定湿地665处，其中，国家（国际）认定4处、省级认定31处、州市认定630处。为如期实现“2020年全省湿地保护率不低于52%”这一目标，我省着力构建以自然保护区和湿地自然公园为主体，湿地保护小区为补充的湿地分类保护体系。“十三五”期间，全省新建国家湿地公园6个、省级湿地公园1个、湿地保护小区177个，全省湿地类型自然保护区达16个、湿地公园19个、湿地保护小区177个。
着眼“十四五”，我省将紧紧围绕湿地保护目标，按照山水林田湖草系统治理的要求，全面提升湿地保护管理水平，加强湿地监督和管理，持续完善湿地分级分类管理，强化湿地保护和恢复，提升湿地生态系统质量和功能，筑牢生态安全屏障。
