生态环境损害赔偿制度针对的损害对象是生态环境公益。我国目前的生态环境损害赔偿制度存在的主要问题，是法律规定不完善、效力等级低。进一步完善生态环境损害赔偿制度，应当从细化法律规定入手，使其兼具理论上的完备性和实践上的可操作性。
一、扩大赔偿义务人范围
合理规定生态环境损害赔偿义务人范围，至少需要考虑主体类型、行为类型、违法性因素、生态损害事实、因果关系等问题。
首先，赔偿义务人的主体类型应当相当广泛。正如法学专家所指出的，任何对生态损害后果的发生有推动作用的主体都应当被纳入赔偿义务人的范围，除了排污者，还应包括监管者、第三方等。
第二，行为类型要明确。行为人实施污染环境、破坏生态的行为时才可以确定其为赔偿义务人，才可以根据生态环境损害赔偿制度要求其承担损害责任。
第三，不应以“违法性”为前提。具有违法性并不是承担损害赔偿的要件之一，没有违反法律规定不等于不必承担赔偿责任。
环境标准是环境保护的最低标准，是对环境危害行为的最低要求，如果没有激励或者惩罚机制，行为主体的行为仅仅会满足法律的最低限定，从而外化行为成本，让社会承担。但如果行为主体在已遵守国家环境标准或已事先取得行政许可下污染环境、破坏生态也需要承担法律责任，那就促使行为主体不得不提高生产水平，防范生态环境损害的发生，促进行为成本的内部化。
环境标准的制定往往是多方面综合考量的结果，如果以违法性为前提，那很多生态环境损害行为都得不到惩处、环境的污染和破坏也得不到修复，所以有必要建立更高要求的损害赔偿责任制度对环境进行更高层次的保护，减轻社会负担。
第四，生态损害事实可以理解为生态环境损害的概念。行为与生态环境损害结果之间具有因果关系是行为人承担损害赔偿的前提，即生态环境损害的结果必须是由行为人的行为导致的。若在缺少行为人行为的情况下，生态环境损害依然会发生，行为人就不应承担损害赔偿责任。
二、明确赔偿程序
磋商和诉讼都是解决生态环境损害赔偿问题的有效手段，实现两种手段的协调衔接，明确生态环境损害赔偿程序，尽可能快速高效准确地解决赔偿问题，是生态环境损害赔偿制度的目的之一。
磋商是赔偿权利人和义务人之间的平等协商，最终达成的赔偿协议对双方都有法律约束力，因此磋商应是民事性质的制度。在一般情况下，磋商是诉讼必经的前置程序，但如果经磋商未达成一致或者无法进行磋商时，可直接提起诉讼。
磋商和环境公益诉讼的衔接问题，我国目前没有明确规定。在生态环境损害赔偿处于磋商阶段时，若环保组织或检察院提起公益诉讼，应当暂停公益诉讼进程，等待磋商结果。如果磋商顺利，达成赔偿协议，环保组织或检察院可就赔偿协议未涉及的部分再次提起公益诉讼；如果磋商未果，进入生态环境损害赔偿诉讼阶段，就可按照关于两类诉讼衔接的相关规定进行下去。
需要注意的是，磋商并不等于调解，磋商不成并不意味着调解过程的省略，实践中存在着磋商未果但最终调解成功的案例。另外，为了磋商和诉讼更好的衔接，磋商主体中赔偿义务人的范围应相应扩大，即在磋商程序中根据主体类型、行为类型、违法性因素、生态损害事实、因果关系五方面确定生态环境损害赔偿义务人。
三、完善生态环境损害评估制度
国家层面有必要从鉴定机构、人员资质、程序、方法、技术、监管等方面出发，制定一系列科学完整的生态环境损害评估办法。对于近几年颁布的一些针对具体领域的评估办法，内容详细、可操作性强，可考虑提升其法律等级，增强效力。
完善评估制度还可以分情况制定评估流程。生态环境损害一般规模大、周期长、原因复杂、恢复困难，要对其进行生态环境损害评估往往需要花费不少人力物力。如果事实清楚、责任明确、损害较小，可以委托专家进行评估，加快案件办理进程、减少资源浪费、减轻污染者负担。面对原因复杂、污染严重的案件，则需要相关机构出具鉴定报告，保障鉴定评估的全面性和专业性。
损害评估一定要充分发挥专家的作用，除了委托专家进行评估或者委托专业机构出具鉴定报告之外，还可以另行咨询其他专家，或者充分考虑专家辅助人的意见，全方位、多角度进行案件分析。
四、健全社会化填补机制
政府设立的专项资金和现存的环境污染责任保险制度，尚不能有效缓解赔偿义务人压力，应当探索建立高效化、专业化、开放化、透明化的生态环境损害社会化填补机制。
应当进一步完善环境责任保险制度。环境责任保险制度，实质上是将由一个主体承担的赔偿责任转移到保险公司的所有投保人身上，既解决了资金缺口又减轻赔偿义务人压力。就我国目前的经济状况、环保条件、产业利润而言，实现全面保险的条件尚不成熟，所以将环境责任保险分为强制责任保险和非强制责任保险，根据行业状况对不同的企业采取不同的环境责任保险制度。
环境责任保险的赔偿额度可以采取限额赔偿制度。采取限额赔偿可以促进投保人积极避免生态环境损害的发生，减少自己的财产损失，也可以减轻保险公司的压力。如果采取全额赔偿制度，有些不良企业可能把保险公司作为挡箭牌，没有承担生态环境损害赔偿的压力，这显然不符合环境责任保险制度的设计初衷。
同时，还应当建立环境损害赔偿基金制度。这项基金主要由可能导致生态环境损害的个人或单位提供，当出现赔偿义务人不明确、法律法规未要求生态环境损害者承担赔偿责任而缺少赔偿义务人、赔偿义务人无力完全赔偿且无法通过环境责任保险制度完全赔偿等情况时，生态环境损害填补基金制度会起到很好的补充作用。根据目前情况，可以采取行业性环境基金和综合性环境基金相结合的基金制度，针对不同行业的特点有的放矢，在提供社会化填补和避免资金浪费之间寻找平衡点。例如强制生态环境损害风险性高的行业建立行业性环境基金，鼓励风险低的行业建立行业性环境基金；综合性环境基金应当包括所有行业，对行业性环境基金无法补充或无法完全补充的部分进行救济。两类基金互为补充，分摊责任，构建完整的生态环境损害填补基金制度。
五、完善生态环境损害赔偿金使用
加强对赔偿金使用的监督，仅依靠财政部门是远远不够的，应当发挥检察机关和社会公众的作用。检察机关可以自行或者委托环保组织实质监督生态环境损害的修复情况，与财政部门的监督相结合，促使赔偿权利人保质保量使用赔偿金，完成生态环境损害修复。生态环境损害赔偿金的使用情况应由赔偿权利人进行公开，接受社会监督，促使各个机关履行职责，防止腐败和滥用权力行为的发生。
当生态环境损害不可修复或存在剩余资金时，可以利用剩余赔偿金成立专项基金，填补其他案件赔偿金的不足或者应对重大复杂生态环境损害事件，专款专用。
